当神社の背景には広大な山林社有地が広がっています。この土地は徳川家康公により拝領したものとして、その由来が伝えられています。
　それによると、天正10年（1582）6月2日、本能寺の変により泉州堺の徳川家康公が急遽、領国である三河に向かったものの、京田辺市草内飯岡付近で主従ともに身の危険を感じ、ここより木津川西岸を上って木津に到着。その地の天神社にて休息し、神主にそこから先の道案内を頼みました。
　神主は息子2人に道中の食糧の手配をさせながら、現在の国道163号を東へ、島河原正月堂多羅尾の代官所まで案内し、主従は無事に三河にたどり着くことができたといいます。
　慶長9年（1604）京都所司代板倉伊賀守が徳川家康公の命により、堺脱出時の天神社神主の功績に対する褒賞として、境内山林、社領が寄付をされ、当神社の財産として現在に至っており、昭和49年11月、この社有地の一部を日本住宅公団（当時）に買収され、その資金により新社殿の造営をいたしました。
　また、鎮守の森「天神山」を東西に縦断する形で国土交通省から用地買収が行われ、令和2年3月（2022）には木津東バイパス（延長0.6km）が整備され供用が開始されました。木津川市内の慢性的な交通渋滞を緩和するとともに、関西文化学術研究都市「木津中央地区」の開発や地域のまちづくりを支援しました。